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Heikki Kovalainen與隊友Lewis Hamilton在第二階段自由練習領先群雄，為McLaren爭奪首場阿布達比GP冠軍以及守住車隊年度第三名注入一劑強心針。

延續第一階段的互別苗頭，在第二階段練習接近尾聲時，場面看來仍是Hamilton與Jenson Button (Brawn車隊)兩位前後任世界冠軍之爭，不過最後Kovalainen以軟胎突破僵局，做出1:41.307秒的全場最快單圈成績。

階段剛開始，Hamilton就在後方大直線底衝進緩衝區，不過後來就做出快單圈暫時取得領先，Kovalainen也不落人後的隨即跟上與Hamilton互換位置。Toro Rosso車手Sebastien Buemi重現先前在日本與巴西站練習中的好表現，不斷將成績往前推進，領先差距一度拉開達0.8秒，後來才被Hamilton給拉下來。

接下來場上情勢變成Button與Red Bull車隊的Sebastian Vettel開始追擊Hamilton的領先地位，不過最終他們都敗給使用軟胎的Kovalainen。緊跟在Button與Vettel之後的是Toyota車隊新人Kamui Kobayashi，這位日本車手再度有著驚人的表現做出第5快成績，展現其過人的賽道學習能力。

缺乏後勁的Buemi落到了第6位，後面跟著Red Bull車手Mark Webber以及Brawn車手Rubens Barrichello。Force India車手Adrian Sutil持續遭遇煞車問題，這位德國車手在直線底發生車輪嚴重鎖死，趕緊返回pit檢修，重回場上之後仍做出第11快成績。BMW Sauber車手Robert Kubica這回負責墊底，他的F1.09賽車在跑了13圈之後明顯發生引擎故障問題，看來BMW決定退出F1也是經過審慎考量的。

第二階段練習時間從當地時間下午5點開始，也讓車手們提前體驗週日決賽將面臨的黃昏視線狀況，沙漠之中天色暗得很快，使得階段大部分時間都是在燈光照射下進行。